Tuttavia la facciata attuale di questa chiesa è frutto di un accurato "restauro stilistico" del 1904, ben documentato da relazioni e disegni e finalizzato a cancellarne le trasformazioni settecentesche. Nel 1735 l'edificio diviene proprietà dell'Arte dei Marangoni o Falegnami, che acquistano anche la casa adiacente e operano alcune rilevanti trasformazioni che si protraggono fino al 1763 e comportano la chiusura delle due finestre gotiche e l'apertura di una grande finestra al centro della facciata. Dal 1763 la chiesa passa alla Confraternita del Sacro Cuore, detta dei Sacchi.
Nel 1768 il cardinale Marcello Crescenzi visita la chiesa, che a quell'epoca aveva una piccola abside rettangolare ora parte dell'aula principale e un esiguo coro contenuto nell'edificio adiacente sul lato nord. Nel 1779 anche il cardinale Alessandro Mattei visita la chiesa, ritenendo decorosi e adeguati il nuovo coro e la sagrestia. I lavori di ampliamento, che comportarono la costruzione di una nuova aula absidale con funzione di coro e di alcuni piccoli ambienti di servizio nel lato sud, avvennero quindi dopo il 1773.
Nella nuova abside vengono poste due lapidi ornate da cornici in stucco, scampate alle distruzioni e alla sistematica spoliazione della chiesa, che ricordano la partecipazione e il sostegno dei cardinali Mattei e Crescenzi alla scuola del Sacro Cuore. Non rimane invece alcuna traccia di una pala d'altare dello Scarsellino con i Santi Simone e Giuda, dipinta prima del 1614, posta dapprima sull'altar maggiore e, dopo il 1770, nell'abside retrostante.
Le soppressioni napoleoniche e la successiva vendita della chiesa e della casa annessa dal demanio a privati portano all'acquisto da parte di don Luigi Serravalli, che nel 1815 ne riconcede l'usufrutto perpetuo alla Confraternita del Sacro Cuore.
La chiesa giunge così all'inizio del XX secolo con una facciata e un interno profondamente trasformati. Ma l'inizio del secolo è epoca di revival, tantochè numerosi restauri compiuti a Ferrara negli stessi anni sono volti al ripristino e alla ricostruzione stilistica di chiese e facciate tardo gotiche: si pensi alla facciata della chiesa di San Gregorio, a quella di San Giuliano o al Corpus Domini.
Così nel 1904 l'ingegnere Lorenzo Dotti esegue il progetto per il restauro della facciata, teso al ripristino della fase quattrocentesca della chiesa. Come si deduce dal rilievo dello stato di fatto prima dei restauri, nel 1904 la facciata conservava solo il portale tardo gotico, mentre le finestre ogivali erano state tamponate, come pure il rosone centrale, ed erano state asportate tutte le decorazioni in cotto.
In particolare la cornice di coronamento della chiesa, del tipo ad archetti a conchiglia, era del tutto scomparsa dalla facciata, mentre era in parte conservata solo sul lato sud, ma non più visibile a causa della costruzione di una casa sorta in adiacenza, al posto del piccolo piazzale ancora esistente nella pianta-alzato di Ferrara di Andrea Bolzoni nell'edizione del 1800.
Nella relazione finale dei lavori l'ingegner Dotti scrive che la cornice di coronamento viene eseguita ricollocando gli elementi originali recuperati dal prospetto laterale, dopo aver ricostruito il timpano, mentre i cotti del rosone centrale e quelli delle arcate gotiche delle finestre laterali sono di nuova fabbricazione. Le finestre vengono fornite di vetri tondi colorati rilegati a piombo e la facciata viene portata in mattone a vista e colorita ad olio con pigmento rosso. Ma durante la prima guerra mondiale la chiesa venne di nuovo chiusa al culto e usata come magazzino militare.
Appena dieci anni dopo i restauri inizia così la parabola discendente dell'edificio, adibito a magazzino fino ad anni recenti. Degrado e abbandono portano alla demolizione del tetto pericolante nel 1998. Per oltre due anni l'edificio a cielo aperto è continuamente esposto a pioggia e neve.
Ciò che rimaneva delle decorazioni in stucco viene gravemente danneggiato mentre le capriate lignee della copertura, esposte a cicli di pioggia e sole, subiscono danni irreversibili. Anche le murature si dissestano ulteriormente, manifestando lesioni e parziali crolli, mentre dal pavimento crescono alti arbusti in mezzo ai rifiuti.
Il triste spettacolo della rovina della chiesa non passa inosservato alla Ferrariae Decus, che si prodiga per sensibilizzare le istituzioni su questo grave problema.
Anche la Facoltà di Architettura di Ferrara si interessa a questo piccolo monumento, svolgendovi l'esercitazione dei corsi di restauro architettonico nel 1999.
Finalmente nel 2000 la Cassa di Risparmio di Ferrara rileva l'edificio dalla Confraternita dei Sacchi, impossibilitata a far fronte alle ingenti spese di restauro.
Nell'autunno 2001 viene ricostruita la copertura e vengono eseguiti i consolidamenti delle murature pericolanti. Le capriate lignee, irrimediabilmente danneggiate dall'esposizione agli agenti atmosferici, dopo un accurato rilievo vengono ricostruite con legno antico, e la copertura viene completata con tavelle in laterizio di recupero e travetti in legno. I lavori vengono quindi sospesi fino alla fine del 2002.
A questo punto era necessario trovare una nuova e compatibile destinazione d'uso all'edificio, e si pensa a un piccolo centro studi su arte e storia ferrarese, per ospitare e rendere accessibile la collezione di libri sull'arte ferrarese editi dalla Cassa. Su questa base viene redatto il progetto, volto alla conservazione di quanto rimaneva della chiesa e alla ricostruzione delle parti crollate.
I sondaggi preliminari rivelano l'esistenza di alcune interessanti, anche se frammentarie, decorazioni sugli intonaci. Nell'aula principale della chiesa sono state rinvenute due croci eseguite a stampo di colore rosso, probabilmente quattrocentesche; mentre nella parete sopra l'altare maggiore e in quella retrostante nella zona absidale, è stata ritrovata una decorazione settecentesca, sorta di ricca quadratura che doveva accogliere la perduta pala di Scarsellino.
La decorazione è databile stilisticamente alla seconda metà del Settecento, nello stile del pittore Luigi Corbi, attivo a Ferrara in quel periodo. Tutte le decorazioni rinvenute, fra cui una finta finestra, sono state scoperte a bisturi, pulite, consolidate e integrate. Anche gli stucchi settecenteschi presenti nell'aula principale e nell'abside, gravemente danneggiati, sono in corso di restauro.
L'ala di servizio e le due stanze della sagrestia sono state ricostruite sulle tracce di quanto rimaneva, con materiali tradizionali. Nella stanza al primo piano invece è stata scelta una pavimentazione in legno, così come indicavano i documenti d'archivio, riproponendo anche la scomparsa scala a chiocciola. Purtroppo la spoliazione della chiesa era giunta a tal punto che della pavimentazione in cotto originaria non restava che qualche lacerto completamente fratturato. Si è pensato così di riproporre, anche per l'abside e l'aula principale, una pavimentazione in cotto di recupero, poichè una pavimentazione di recente produzione avrebbe costituito una superficie troppo "nuova" ed estranea al contesto.
La facciata della chiesa, segnata da una rilevante lesione sulla sommità, è stata consolidata e collegata alle strutture di copertura. Il ricco cornicione di coronamento e tutte le decorazioni in laterizio, interessati da consistenti depositi e croste nere e da fenomeni di polverizzazione, sono stati puliti con impacchi chimici e con bisturi, stuccati e consolidati fissando gli elementi in fase di distacco, infine trattati con una velatura protettiva leggermente colorata. Il paramento in mattoni a vista è stato pulito manualmente, stuccato e spazzolato. Il portale in pietra d'Istria, in cattivo stato di conservazione e caratterizzato da numerosi interventi anche impropri di stuccatura, sostituzione e riparazione, è stato pulito tramite diversi cicli ad impacco. Le nuove stuccature saranno eseguite con calce bianca e polvere di marmo, infine saranno applicate sostanze consolidanti e protettive. Anche il bel portone di legno in stile neogotico, eseguito in occasione dei restauri del 1904, è in fase finale di restauro e sarà presto ricollocato.
I lavori sono ormai avviati alla conclusione, prevista per i primi mesi del 2004.
Una banca come la Cassa di Risparmio, che tanto ha sempre fatto per la cultura a Ferrara, ha reso possibile la conservazione di un monumento altrimenti destinato a sicura distruzione e ora si prepara a renderlo fruibile e utile agli studiosi e ai cultori di storia locale.